导致精阜炎的主要原因是由于感染某些微生物。常见的有淋病双球菌、霉菌、沙眼衣原体、结核杆菌、病毒、滴虫、支原体等感染。近年来淋病双球菌引起的精阜炎的病例在不断增加。导致这些病原体感染的原因是有不洁性交，严重的包茎或包皮过长，尤其是包皮口狭窄，排尿不畅，有利于各种病原体在尿道里储留，从而引起精阜炎。此外，频繁的手淫、常常中断性交致使精阜长期充血，也可形成非感染性精阜炎。
